…ich hatte dasselbe Problem wie Du. Die Lösung bestand daran, /etc/init.d/nvidia[-glx] zu löschen. Scheinbar werden darin ein paar Einstellungen beim Hochfahren gelöscht, die aber leider dringend notwendig sind.
Wenn Du „nvidia“ wie bisher einfach in die /etc/modules einträgst, ist das Modul ja beim Hochfahren geladen, und deshalb scheitert dann auch die Neuinstallation des Treiber. (-> rmmod nvivia)
Also: Treiber installieren, „nvidia“ in /etc/modules eintragen, /etc/init.d/nvidia[-glx] löschen, fertig.
Funktioniert. Klasse.
Via: debianforum.de